Bioinformática en Chile
y análisis de datos biológicos
Análisis estadísticos, genómica, transcriptómica y metagenómica con rigor científico y visualizaciones de impacto. Hacemos que tus datos cuenten su historia.
Análisis de datos biológicos con rigor científico
En LucaBioAnalytics ofrecemos servicios especializados en bioinformática y análisis de datos biológicos, combinando estadística avanzada, herramientas computacionales y experiencia científica. Trabajamos con datos genómicos, transcriptómicos y metagenómicos para transformar información compleja en resultados claros, interpretables y listos para investigación o publicación.
Enfoque científico
Aplicamos metodologías validadas y reproducibles en cada análisis.
Tecnología avanzada
Utilizamos herramientas modernas en bioinformática y estadística.
Resultados claros
Entregamos reportes interpretables y listos para publicación.
Visualización científica
Generamos gráficos claros para comunicar hallazgos biológicos complejos.
Análisis reproducible
Documentamos procesos, herramientas y resultados para facilitar revisión.
Servicios de Bioinformática y Análisis de Datos Biológicos en Chile
Brindamos servicios de bioinformática y análisis de datos biológicos en Chile, integrando genómica, transcriptómica, metagenómica y estadística avanzada. Nuestro enfoque permite obtener resultados reproducibles, interpretables y listos para publicación en investigación científica.
Estadística descriptiva
Resumimos y visualizamos tus datos con gráficos de alta calidad: distribuciones, boxplots, heatmaps y tablas de contingencia.
Pruebas de hipótesis
Selección y aplicación del test correcto: paramétrico (t-test, ANOVA) o no paramétrico (Mann-Whitney, Kruskal-Wallis).
Modelos de regresión
Regresión lineal, logística y mixta con diagnóstico de supuestos, multicolinealidad y evaluación de ajuste del modelo.
Diseño experimental
Cálculo de tamaño muestral, randomización, y análisis post-hoc con corrección de pruebas múltiples (Bonferroni, FDR).
Análisis multivariado
PCA, clustering jerárquico, k-means y análisis discriminante para explorar estructuras en datos de alta dimensión.
Informes reproducibles
Entregamos scripts en R o Python y reportes en R Markdown / Quarto, completamente reproducibles y documentados.
Resultados publicables
Todos nuestros análisis siguen las mejores prácticas de la estadística biológica y son compatibles con los estándares de revistas indexadas.
- Software: R, Python (statsmodels, scipy)
- Figuras vectoriales listas para publicación
- Código comentado y reproducible
- Corrección por múltiples comparaciones
- Revisión de supuestos estadísticos
Ensamblaje de genomas
De novo y guiado por referencia con herramientas como SPAdes, Velvet y GATK para genomas bacterianos y eucariotas.
Anotación genómica
Anotación funcional con Prokka, AUGUSTUS y bases de datos como COG, KEGG, GO y UniProt/SwissProt.
Variantes genéticas (SNP/InDel)
Detección de variantes con GATK HaplotypeCaller, FreeBayes, y filtrado de calidad con parámetros personalizados.
Filogenómica
Reconstrucción de árboles filogenéticos a partir de genomas completos con IQ-TREE, RAxML y análisis de coalescencia.
Genómica comparativa
Análisis de pan-genoma, genome collinearity con MUMmer y detección de regiones de sintenia conservadas entre especies.
Control de calidad NGS
FastQC, MultiQC, Trimmomatic y fastp para evaluación y limpieza de lecturas de secuenciación de nueva generación.
Pipeline genómico completo
Desde los datos crudos de secuenciación hasta el análisis funcional, gestionamos cada paso con trazabilidad total y control de versiones.
- Compatible con Illumina, Nanopore, PacBio
- Pipelines Snakemake / Nextflow disponibles
- Bases de datos actualizadas (NCBI, Ensembl)
- Ensamblaje de islas genómicas y GI predictor
- Reportes de contaminación (Kraken2)
RNA-seq diferencial
Análisis de expresión diferencial con DESeq2, edgeR y limma-voom. Volcano plots, heatmaps e interpretación biológica.
Ensamblaje de transcriptoma
De novo con Trinity o guiado por referencia con StringTie para organismos con y sin genoma de referencia disponible.
Splicing alternativo
Detección de eventos de splicing diferencial con rMATS, SUPPA2 y DEXSeq para análisis a nivel de exón e isoforma.
Redes de co-expresión
Construcción de redes WGCNA, identificación de módulos de genes co-expresados y correlación con rasgos fenotípicos.
Single-cell RNA-seq
Análisis scRNA-seq con Seurat y Scanpy: clustering, anotación de tipos celulares, trayectorias de diferenciación y pseudotiempo.
Enriquecimiento funcional
Gene Ontology, KEGG, Reactome y GSEA. Identificamos los pathways biológicos más relevantes con corrección estadística.
Expresión diferencial de genes
Identificamos qué genes cambian entre tus condiciones experimentales y qué procesos biológicos están siendo activados o reprimidos.
- Normalización: TMM, RLE, SCnorm (scRNA)
- Corrección de batch effects (ComBat, RUVSeq)
- Análisis de pseudotiempo (Monocle, Slingshot)
- Integración multi-ómicas disponible
- Visualizaciones: volcano, MA-plot, heatmap
Diversidad alfa y beta
Índices de Shannon, Simpson, Chao1, Bray-Curtis. PCoA, NMDS y PERMANOVA para comparar comunidades microbianas.
Clasificación taxonómica
Pipeline 16S/ITS con QIIME2 y DADA2, o clasificación shotgun con Kraken2, Bracken y MetaPhlAn4.
Predicción funcional
PICRUSt2, HUMAnN3 y STAMP para inferir el potencial metabólico de la comunidad y comparar pathways entre grupos.
Metagenómica shotgun
Ensamblaje y binning de MAGs (MEGAHIT + MetaBAT2 + CheckM), anotación y clasificación filogenética de bines.
Análisis de microbioma
Aplicación a muestras de suelo, agua, intestino, oral, cutáneo o ambiental con contexto ecológico o clínico.
Visualización interactiva
Diagramas de Krona, barplots de composición, biplots de RDA/CCA y gráficos de red de co-ocurrencia de OTUs.
Comunidades microbianas en profundidad
Caracterizamos la composición y función de comunidades microbianas en cualquier tipo de muestra ambiental, clínica o industrial.
- Compatible con 16S, 18S, ITS y shotgun
- Análisis longitudinal de microbioma disponible
- Bases de datos: SILVA, GTDB, UNITE
- Predicción de bacterias indicadoras de salud
- Análisis de resistoma y viruloma
Bioinformática en Chile con enfoque científico y resultados aplicables
LucaBioAnalytics nace en Chile para apoyar a investigadores, estudiantes, laboratorios y empresas que necesitan transformar datos biológicos complejos en resultados claros, reproducibles y útiles para la toma de decisiones científicas. Acompañamos proyectos en todo Chile con servicios de bioinformática y análisis de datos biológicos listos para publicación.
Conocer másDatos biológicos convertidos en conocimiento científico para proyectos en Chile
Combinamos análisis estadístico, bioinformática y visualización científica para entregar resultados que puedan ser interpretados, defendidos y utilizados en publicaciones, tesis, reportes técnicos o proyectos de investigación en Chile. Acompañamos a la comunidad científica chilena en el análisis de datos biológicos complejos, entregando informes claros y reproducibles listos para publicación.
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